Следственный комитет России вменяет председателю Меджлис крымскотатарского народа Рефату Чубарову организацию массовых беспорядков, сопровождавшихся насилием; публичные призывы к осуществлению действий, направленных на нарушение территориальной целостности Российской Федерации, совершенные с использованием средств массовой информации; а также публичные призывы к осуществлению действий, направленных на нарушение территориальной целостности Российской Федерации (ч.1 ст. 212, ч. 2 ст. 280.1, ч.1 ст.280.1 УК РФ).
Как сообщается на сайте следкома, 25 февраля 2014 года Чубаров якобы с целью срыва внеочередного заседания сессии депутатов Верховного Совета Автономной Республики Крым поручил своему заместителю Ахтему Чийгозу организовать массовые беспорядки у здания Верховного Совета.
«Сторонники организации с применением силы заранее приготовленными палками и деревянными дубинками попытались оттеснить от здания правительства митингующих граждан, членов и сторонников политической партии «Русское единство». В результате организованных беспорядков было сорвано внеочередное заседание сессии депутатов Верховного Совета, не менее 80 крымчанам причинены травмы, двое из них скончались», - говорится в сообщении.
В сентябре 2017 года приговором суда Чийгоз был признан виновным в организации массовых беспорядков и приговорен к 8 годам лишения свободы с отбыванием в исправительной колонии общего режима. Ряд членов Меджлиса судом признаны виновными в участии в массовых беспорядках, им всем назначены наказания в зависимости от степени вины.
Также следствием установлено, что весной 2015 года Чубаров в эфире одного из украинских телеканалов высказывал призывы к осуществлению экстремистской деятельности против интересов Российской Федерации, а также к присоединению Республики Крым к территории Украины. Кроме того, осенью 2015 года на территории Херсонской области Украины, выступая перед гражданами в рамках им же организованной «продовольственной блокады», вновь высказывал призывы к нарушению территориальной целостности Российской Федерации.
В настоящее время в рамках следствия устанавливаются обстоятельства совершенных преступлений, допрашивается круг лиц из числа свидетелей и очевидцев. Во взаимодействии с правоохранительными органами проводится вся необходимая работа, направленная на сохранение безопасности и недопущение дестабилизации на территории полуострова.
Следственный комитет РФ возбудил уголовное дело в отношении председателя Меджлиса крымскотатарского народа Рефата Чубарова 23 марта 2020.